欧洲程序的官方语言是英语、德语和法语，具体选择取决于申请人的申请语言或者翻译的申请语言。如果申请人决定利用欧洲程序，则可以选择直接欧洲路径或者Euro-PCT路径。
申请人可以通过电子提交、面交、邮寄或传真四种方式向欧洲专利局或成员国的主管当局提交欧洲专利申请。但是，分案申请必须直接提交到欧洲专利局。以电子提交或者邮寄、传真等方式提交的，申请日为欧洲专利局的收到日。面交或者交至欧洲专利局的自动邮筒的，提交当日即为申请日。该规则同样适用于成员国的主管当局。
接收申请的主管当局会尽快将请求书1001表第8页作为回执发送给申请人，在该页记录申请文件的收到日和申请号。如果一份申请是提交至国家主管当局再转发给欧洲专利局的，欧洲专利局将据此再次发送给申请人一份签收文件，上面载有欧洲专利局签收时间（请求书1001表第8页）。申请人收到此文件后，后续所有的文件都应该直接向欧洲专利局提交。
成员国对于明显不涉密的申请，在收到申请后6周内传达欧洲专利局。对于需要进一步审查是否涉密的申请，该期限延长至收到申请后4个月，或者优先权日起14个月（要求优先权情形）。
提交申请时请求书1001表中默认指定全部38个成员国。在单独指定的情况下，瑞士和列支敦士登必须被同时指定。申请还可延伸至延伸国波黑和黑山。尽管提交申请时默认指定所有成员国，然而后续需要缴纳一笔指定费来确认指定，指定费目前是580欧元，应在欧洲检索报告公布6个月内缴纳，指定覆盖所有成员国，除非特别撤回对某成语国的指定。延伸也是申请时默认，需后续对每个延伸国缴纳延伸费来确认延伸。
欧洲专利从提交申请到授权大概需要3-5年。在特定情形下，欧洲专利局将基于欧洲专利申请加快程序的规则尽力减少正常的处理时间。
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