世界知识产权组织国际局（以下简称“国际局”）收到符合《商标国际注册马德里协定及其议定书共同实施细则》的国际注册申请后，将在国际注册簿上进行登记注册，公告相关商标注册，并给商标注册申请人颁发《国际注册证》并通知各被指定缔约方商标主管机关。
以中国为原属国申请商标国际注册的，国际局直接将《国际注册证》寄送给商标局国际注册处，再由商标局国际处转寄给申请人或商标代理机构。
《国际注册证》是国际局发给商标注册申请人的，详细记录马德里商标国际注册申请有关事项的证明文书。《国际注册证》载明了马德里申请的所有信息，如国际注册日、国际注册到期日期、注册人信息、商标、指定商品/服务，以及依据《马德里协定》或《马德里议定书》所指定的缔约方等。它仅能证明马德里国际商标注册申请已经在国际注册簿上进行了登记，实际上仅起到受理通知书的作用，并不代表指定缔约方已核准保护。
国际局将商标国际注册申请转达指定保护的缔约方，各缔约方按照《马德里协定》或《马德里议定书》要求的时限（12个月或18个月），依据本国的法律进行审查。对于符合注册条件的，向国际局通报核准保护声明；若不符合授权规定的，则依情况下发临时驳回通知或终局驳回通知，或者基于商标异议下发驳回通知。
例如，美国、韩国、日本三国在商标授权后会颁发本国注册证。该注册证与单一国家注册颁发的注册证无异，知识注册证中载明了是马德里国际注册指定该国的注册证。但是，马德里其他成员国并不单独颁发注册证。
值得注意的是，只有在商标获得保护后，商标所有人才可以在给予保护的被指定缔约方缔约内行使商标专用权。
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