国际局对国际注册申请进行审查后，下发商标国际注册证，同时通知被指定缔约方在法定期限内进行审查。各被指定缔约方在《马德里协定》或《马德里议定书》规定的驳回期限内，依照本国的法律和有关规定对指定领土延伸申请进行审查，作出决定，并通知国际局。
被指定缔约方的保护，是指马德里国际注册商标被指定缔约方主管机关经实质审查，对符合本国法律规定的领土延伸申请的商标给予的保护，其效力等同于在该国获得注册。只有在商标获得保护后，商标所有人才可以在给予保护的被指定缔约方地域内行使商标专用权。
被指定缔约方依职权的驳回，是指马德里国际注册商标被指定缔约方主管机关经实质审查，认为领土延伸申请违反了本国的相关法律规定，对该领土延伸申请作出的不予保护的决定。该决定通常在《马德里协定》或者《马德里议定书》规定的期限内以驳回的形式通知国际局。马德里国际注册商标被驳回可分为两种情形：（一）全部驳回，即对指定的全部商品或服务的驳回；（二）部分驳回，即指定的部分商品或服务的驳回。
商标国际注册申请的驳回期限因适用《马德里协定》或《马德里议定书》有所不同。对于使用《马德里协定》的商标国际注册申请，被指定缔约方行使驳回权利的期限是12个月；对于使用《马德里议定书》的商标国际注册申请，被指定缔约方行使驳回权利的期限可能是12个月，也可能是18月。若被指定缔约方希望享有18个月的驳回期限，则需向国际局提交正式的声明，声明12个月的驳回期限由18个月代替。若在《马德里协定》或《马德里议定书》规定的12个月或18个月的驳回期限内，被指定缔约方未发出驳回或者部分驳回通知的，该领土延伸申请视为核准。换句话说就是，被指定缔约方若未在法定驳回期限内行使驳回权利的，不论该商标国际注册申请是否违反了被指定缔约方的法律规定，都将自动获得保护。另外，驳回期限的起始日为国际注册证上注明的通知日，而不是商标的国际注册日。
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