目前，香港、澳门特别行政区的申请人还不能通过商标局办理马德里申请。台湾地区申请人如在中国商标局有已经注册的商标或已经提交申请，并获得受理通知书的商标，可以通过商标局办理马德里申请。
这是因为申请马德里商标国际注册的主体必须是《马德里协定》或《马德里议定书》中缔约国的申请人（包括在缔约国设有真实有效的工商营业场所或住所的自然人、法人或者其他组织，或者是缔约国公民）。
香港、澳门特别行政区是我国一个享有高度自治权的地方行政区域。其享有“高度自治权”的表现之一就是可以以自己的名义单独同各国、各地区以及有关国际组织保持和发展经济、文化联系，签订双边和多边经济、文化、科技等协定。而香港、澳门特别行政区目前还没有以自己的名义加入商标国际注册马德里体系，即还没有成为《马德里协定》或《马德里议定书》的缔约方，因此，香港、澳门特别行政区的申请人（包括自然人、企业和其他组织）还不能通过商标局提出马德里商标国际注册申请。
但是，从行政区域上划分，台湾是我国华东地区的一个省级行政区，即中国台湾省。所以，台湾地区申请人如在商标局有已经注册的商标或已经提交申请，并获得受理通知书的商标，可以通过商标局办理马德里申请。
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